Theo Quyết định số 259/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, quy hoạch thành phố Nha Trang được chia thành 14 khu vực cụ thể như sau: Khu 1 - Khu vực trung tâm ven biển và phía Nam sông Cái, là trung tâm du lịch cả nước, trung tâm hành chính - văn hóa - thương mại cấp tỉnh và thành phố. Khu 2 - Khu vực sân bay Nha Trang cũ và vùng phụ cận, là trung tâm dịch vụ du lịch, văn phòng, thương mại - tài chính vùng Nam Trung Bộ. Khu 3 - Khu vực Phước Long, Vĩnh Trường, Vĩnh Nguyên, là trung tâm dịch vụ du lịch biển, dịch vụ cảng biển du lịch vùng Nam Trung Bộ. Khu 4 - Khu vực phía Tây đường Lê Hồng Phong, là khu đô thị mới đan xen khu dân cư hiện trạng cải tạo chỉnh trang. Khu 5 - Khu đô thị ven biển, phía Đông đường sắt - từ Bắc sông Cái đến Mũi Kê Gà, là khu trung tâm đô thị hiện hữu, dịch vụ du lịch ven biển. Khu 6 - Khu vực từ phía Nam núi Cô Tiên (nhỏ) đến phía Bắc núi Hòn Ngang (núi Cô Tiên lớn), là khu trung tâm đô thị hiện hữu, dịch vụ du lịch ven biển. Khu 7 - Khu vực đô thị phía Bắc sông Cái và khu vực Hòn Nghê, là trung tâm giáo dục, y tế, dịch vụ nước khoáng nóng. Khu 8 - Khu vực đô thị phía Tây Nha Trang, là trung tâm khoa học kỹ thuật, nghiên cứu, đào tạo mới. Khu 9 - Khu vực phía Nam đường Phong Châu và khu vực núi phía Tây sông Tắc, là khu đô thị - trung tâm hành chính mới, dịch vụ du lịch sinh thái núi, dịch vụ y tế vùng duyên hải Nam Trung bộ và Tây Nguyên. Khu 10 - Khu vực Phước Đồng - Hòn Rớ - phía Bắc núi Cù Hin, là trung tâm giáo dục, thể dục thể thao và dịch vụ du lịch sinh thái. Khu 11 - Khu vực Đồng Bò - Trảng É, là khu công nghiệp và dịch vụ logistic. Khu 12 - Khu vực phía Tây Bắc quốc lộ 1 - thuộc xã Vĩnh Phương, là khu vực làng xóm hiện trạng cải tạo, công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp. Khu 13 - Khu vực xã Vĩnh Lương - phía Bắc núi Hòn Ngang, là khu dân cư hiện hữu, cải tạo, chỉnh trang kết hợp du lịch sinh thái núi. Khu 14 - Khu vực biển thuộc vịnh Nha Trang, biển ven bờ xã Vĩnh Lương và các đảo thuộc thành phố Nha Trang, là trung tâm dịch vụ du lịch biển đảo quốc gia và quốc tế kết hợp an ninh quốc phòng.